Trong quá trình hạch toán và quyết toán thuế, không ít doanh nghiệp bị loại chi phí chỉ vì sai chứng từ, sai điều kiện thanh toán hoặc ghi nhận chưa đúng bản chất khoản chi. Vậy chi phí không được khấu trừ là gì và đâu là những nhóm chi phí doanh nghiệp hay gặp nhất? Bài viết này Vinata sẽ tổng hợp các khoản chi thường bị loại khi tính thuế, nêu dấu hiệu nhận biết nhanh, kèm lưu ý hồ sơ – chứng từ để kế toán/doanh nghiệp chủ động rà soát, giảm rủi ro truy thu và phạt chậm nộp.
Chi phí không được khấu trừ là gì? Hiểu đúng để tránh bị loại khi quyết toán
Trong thực tế kế toán – thuế, cụm từ chi phí không được khấu trừ thường được dùng để nói về khoản chi không được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN. Nói đơn giản: doanh nghiệp có chi tiền thật, nhưng khi quyết toán thuế TNDN cơ quan thuế không chấp nhận khoản đó để giảm thu nhập tính thuế, nên doanh nghiệp phải loại ra/điều chỉnh tăng thu nhập chịu thuế.
Từ 01/10/2025 theo Luật Thuế TNDN 2025 và các hướng dẫn tại Nghị định 320/2025/NĐ-CP ban hành 15/12/2025, áp dụng từ kỳ tính thuế TNDN năm 2025, doanh nghiệp cần đặc biệt chú ý điều kiện chứng từ – thanh toán vì có điểm quan trọng: ngưỡng bắt buộc thanh toán không dùng tiền mặt là từ 05 triệu đồng/lần.
Các khoản chi phí không được khấu trừ doanh nghiệp hay gặp nhất
Khi quyết toán thuế TNDN, rất nhiều khoản chi phát sinh thật nhưng vẫn bị loại vì thiếu hồ sơ – sai điều kiện – không chứng minh được phục vụ SXKD. Dưới đây là các nhóm hay bị loại nhất và cách nhận biết nhanh:
Chi không đủ hồ sơ: thiếu hóa đơn/chứng từ, hóa đơn sai, chứng từ không hợp lệ
Đây là nhóm dính nhiều nhất vì doanh nghiệp thường chỉ có hóa đơn, nhưng thiếu bộ hồ sơ chứng minh giao dịch. Trường hợp phổ biến:
- Không có hợp đồng/đơn đặt hàng hoặc hợp đồng không thể hiện rõ phạm vi, đơn giá, thời gian, điều khoản thanh toán.
- Thiếu biên bản nghiệm thu – bàn giao – thanh lý đặc biệt với dịch vụ: marketing, thiết kế, sửa chữa, vận chuyển, gia công….
- Thiếu chứng từ nội bộ: đề nghị mua hàng, phiếu nhập/xuất, xác nhận hoàn thành, email trao đổi, bảng chấm công/bảng phân bổ… khiến chi phí không có câu chuyện.
- Hóa đơn có nhưng khó chứng minh liên quan SXKD: mua sắm mang tính cá nhân, tiếp khách không có danh sách/agenda, quà tặng không có chương trình/đối tượng nhận, chi phí đi lại không có lệnh công tác…
Xem thêm: Rủi ro thuế doanh nghiệp: Những khoản chi dễ bị loại khi quyết toán
Chi từ 05 triệu đồng trở lên nhưng thanh toán tiền mặt
Theo hướng dẫn mới, khoản mua hàng hóa, dịch vụ và các khoản thanh toán khác từng lần từ 05 triệu đồng trở lên cần có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt để được tính chi phí được trừ.
Các tình huống rất hay dính:
- Mua dưới 5 triệu/lần nhưng mua nhiều lần trong cùng ngày, tổng từ 5 triệu trở lên → vẫn có rủi ro bị yêu cầu chứng minh thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định áp dụng theo ngày/một đối tượng bán.
- Ghi nhận chi phí khi chưa thanh toán: doanh nghiệp có thể tạm tính chi phí được trừ, nhưng đến lúc thanh toán nếu lại trả tiền mặt thì phải kê khai/điều chỉnh giảm chi phí ở kỳ phát sinh thanh toán tiền mặt, kể cả khi đã có quyết định thanh tra/kiểm tra.
Tiền phạt vi phạm hành chính, phạt thuế, tiền chậm nộp
Nhóm này thường bị loại vì bản chất không phục vụ tạo doanh thu và thường được liệt kê trong danh mục chi không được trừ:
- Phạt vi phạm hành chính như giao thông, đăng ký kinh doanh, môi trường, lao động….
- Phạt về thuế, kế toán; tiền chậm nộp theo quản lý thuế.
Các khoản thuế không được tính vào chi phí trong nhiều trường hợp
Doanh nghiệp hay nhầm giữa thuế phát sinh và chi phí được trừ. Một số khoản thường bị loại gồm:
- Thuế GTGT đầu vào đã được khấu trừ hoặc đã hoàn;
- Thuế GTGT nộp theo phương pháp khấu trừ;
- Thuế TNDN trừ một số trường hợp nộp thay theo hợp đồng với nhà thầu/đối tác nước ngoài theo thỏa thuận doanh thu không bao gồm thuế;
- Thuế TNCN trừ trường hợp hợp đồng lao động thỏa thuận lương NET, DN nộp thay theo đúng quy định/hồ sơ.
Chi phúc lợi cho người lao động vượt trần
Chi phúc lợi thường bị loại ở phần vượt mức khống chế theo quy định.
Sai lầm hay gặp:
- Có chi thực tế nhưng không có quy chế/quyết định chi hoặc không có danh sách người hưởng, ký nhận.
- Gộp phúc lợi vào chi hoạt động làm hồ sơ không rõ, khi thanh tra dễ bị loại.
Lãi vay nhạy khi quyết toán
Lãi vay là nhóm chi phí dễ bị soi vì liên quan vốn, góp vốn, và chuyển giá.
- Chưa góp đủ vốn điều lệ nhưng phát sinh vay: phần lãi vay tương ứng có rủi ro bị loại/không được trừ tùy hồ sơ và thời điểm góp vốn.
- Doanh nghiệp có giao dịch liên kết: chi phí lãi vay có thể bị khống chế theo trần 30% EBITDA theo Nghị định 132/2020/NĐ-CP sau khi trừ lãi tiền gửi, lãi cho vay.
Điều kiện để một khoản chi được khấu trừ
Để một khoản chi được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN, nguyên tắc cốt lõi là:
- Phát sinh thực tế và liên quan hoạt động SXKD của doanh nghiệp.
- Có đủ hóa đơn, chứng từ theo quy định.
- Từ 05 triệu đồng/lần trở lên: phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt kể cả trường hợp cộng dồn nhiều lần mua trong cùng ngày.
- Không thuộc danh mục các khoản chi không được trừ theo quy định như phạt vi phạm, phần phúc lợi vượt trần, thuế bị loại….
Xem thêm: Dịch vụ kế toán thuế trọn gói
Cách xử lý khi phát hiện chi phí không được khấu trừ
Bạn có thể xử lý theo đường đi sau để giảm rủi ro khi quyết toán:
Bước 1: Xác định lý do bị loại thuộc nhóm nào
- Thiếu hồ sơ/chứng từ?
- Sai điều kiện thanh toán ≥ 5 triệu nhưng tiền mặt?
- Thuộc danh mục bị loại phạt, thuế, phúc lợi vượt trần, lãi vay bị khống chế…?
Bước 2: Nếu là thiếu hồ sơ → hoàn thiện hồ sơ trước khi chốt kỳ
Ưu tiên bổ sung/chuẩn hóa: hợp đồng, phụ lục, nghiệm thu, bàn giao, bảng kê, quy chế nội bộ, quyết định, chứng từ liên quan.
Bước 3: Nếu vướng thanh toán tiền mặt
- Nếu chưa thanh toán: lên kế hoạch thanh toán không dùng tiền mặt đúng quy định.
- Nếu đã thanh toán tiền mặt: chuẩn bị phương án điều chỉnh giảm chi phí ở kỳ phát sinh thanh toán tiền mặt theo hướng dẫn tại Nghị định 320.
Bước 4: Khi lập quyết toán thuế TNDN
- Các khoản không được trừ cần theo dõi riêng để điều chỉnh tăng thu nhập chịu thuế tránh bỏ sót rồi bị truy thu + phạt.
- Với các khoản bị khống chế phúc lợi vượt trần, lãi vay trần… → xác định phần vượt để loại đúng phần.
Kết luận
Chi phí không được khấu trừ không phải lúc nào cũng do doanh nghiệp chi sai, mà phần lớn đến từ thiếu hồ sơ hoặc không đáp ứng điều kiện thanh toán – chứng từ. Từ giai đoạn áp dụng theo Luật Thuế TNDN 2025 và Nghị định 320/2025/NĐ-CP, điểm cần rà soát kỹ là ngưỡng 05 triệu đồng/lần phải thanh toán không dùng tiền mặt và nguyên tắc nếu đã thanh toán tiền mặt thì phải điều chỉnh giảm chi phí ở kỳ thanh toán. Liên hệ với Vinata ngay để được tư vấn hỗ trợ miễn phí.
