Thanh tra thuế doanh nghiệp thường điểm danh các khoản chi phí có rủi ro cao: chứng từ thiếu, thanh toán chưa đúng quy định, hợp đồng – nghiệm thu không khớp, hoặc hạch toán chưa nhất quán. Vì vậy, giải trình chi phí hợp lệ không chỉ là trả lời cho xong, mà là quá trình chuẩn hóa hồ sơ để chứng minh tính thực tế phát sinh – phục vụ hoạt động kinh doanh – có đủ chứng từ hợp pháp. Bài viết này Vinata tổng hợp các nhóm chi phí hay bị yêu cầu giải trình, cách chuẩn bị bộ hồ sơ kèm theo và những lưu ý quan trọng giúp doanh nghiệp giảm rủi ro bị loại chi phí, truy thu và phạt phát sinh khi làm việc với đoàn thanh tra.

Thanh tra thuế doanh nghiệp thường soi gì ở khoản chi?

Khi thanh tra/kiểm tra, cơ quan thuế thường nhìn khoản chi theo 3 trục: Có thật không? Có liên quan hoạt động SXKD không? Chứng từ có hợp pháp – hợp lệ – hợp lý không?
Thực tế, những khoản chi dễ bị soi thường rơi vào các nhóm sau:

Các điểm nóng hay bị hỏi kỹ

Chi phí tăng đột biến theo tháng/quý/năm so với doanh thu hoặc so với năm trước.
Chi phí dịch vụ khó đo lường: marketing, tư vấn, môi giới, dịch vụ quản lý… dễ thiếu bằng chứng thực hiện.
Chi phí thanh toán tiền mặt hoặc thanh toán vòng vo, không khớp sao kê ngân hàng đặc biệt với các khoản từ 05 triệu đồng trở lên theo quy định mới.
Chi phí liên quan cá nhân: tiếp khách/ăn uống/du lịch/quà tặng… không chứng minh mục đích kinh doanh.
Chi phí lương – thưởng – phụ cấp thiếu quy chế, thiếu bảng chấm công, thiếu chứng từ chi trả.
Hợp đồng – nghiệm thu – hóa đơn – thanh toán lệch nhau sai thời điểm, sai nội dung, thiếu biên bản.
Hóa đơn điện tử có rủi ro: sai thông tin, sai thời điểm lập, điều chỉnh/ thay thế nhiều lần, hóa đơn từ nhà cung cấp có dấu hiệu rủi ro. Khung quản lý hóa đơn/chứng từ hiện hành theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP và Thông tư 78/2021/TT-BTC.

Cách họ kiểm tra: chuỗi chứng từ

Một khoản chi đẹp thường phải ghép được chuỗi:
Đề nghị/đặt hàng → Hợp đồng/PO → Giao nhận/biên bản nghiệm thu → Hóa đơn → Thanh toán (sao kê) → Hạch toán → Bằng chứng sử dụng/hiệu quả.

Nếu chuỗi này bị đứt ở mắt xích nào, rủi ro bị yêu cầu giải trình sâu hoặc bị loại chi phí sẽ tăng mạnh.

Điều kiện để chi phí được chấp nhận

Tùy khoản chi, tiêu chí chi phí được trừ khi tính thuế TNDN thường quy về 3 nhóm điều kiện sau:

Chi phí phát sinh thực tế và liên quan hoạt động SXKD

Có căn cứ chứng minh phục vụ hoạt động kinh doanh: mua hàng để bán/sản xuất, thuê dịch vụ để triển khai chiến dịch, chi phí vận hành…

Có đủ hóa đơn, chứng từ hợp pháp theo quy định

Hóa đơn, hợp đồng, biên bản, phiếu xuất–nhập, chứng từ ngân hàng, hồ sơ nhân sự… đúng loại chứng từ, đúng nội dung, đúng thời điểm.
Doanh nghiệp dùng hóa đơn điện tử cần đảm bảo tuân thủ quy định về hóa đơn/chứng từ.

Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt theo ngưỡng mới

Điểm rất đáng lưu ý từ cuối 2025:

Các khoản chi mua hàng hóa/dịch vụ và khoản thanh toán khác từng lần từ 05 triệu đồng trở lên muốn tính chi phí được trừ thì phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.
Nếu mua nhiều lần trong cùng 1 ngày, từng lần dưới 05 triệu nhưng cộng lại từ 05 triệu trở lên, cũng phải thanh toán không dùng tiền mặt mới được trừ.
Trường hợp ủy quyền người lao động mua hộ và người lao động thanh toán không dùng tiền mặt, vẫn có thể được trừ nếu có hóa đơn/chứng từ và quy chế/quyết định nội bộ về ủy quyền + chứng từ hoàn ứng/chi trả lại.
Nếu lúc ghi nhận chi phí chưa thanh toán: vẫn được tạm tính; nhưng khi thanh toán mà thanh toán tiền mặt, doanh nghiệp phải điều chỉnh giảm chi phí tương ứng ở kỳ phát sinh thanh toán tiền mặt.

Nghị định 320/2025/NĐ-CP ban hành ngày 15/12/2025 và có hiệu lực từ 15/12/2025.

Xem thêm: Nộp chậm báo cáo thuế: Doanh nghiệp có thể bị phạt bao nhiêu?

Nhóm chi phí hay bị yêu cầu giải trình và cách chuẩn bị hồ sơ kèm theo

Dưới đây là các nhóm chi phí hay bị hỏi, kèm bộ hồ sơ gợi ý chuẩn bị theo nguyên tắc chuỗi chứng từ để trả lời nhanh, đúng trọng tâm.

Chi phí mua hàng/giá vốn

Cơ quan thuế hay hỏi: mua hàng có thật không, giá có hợp lý không, hàng có nhập kho/xuất bán không, thanh toán ra sao.

Hồ sơ nên có:

Hợp đồng/PO/báo giá, phụ lục
Phiếu nhập kho/xuất kho, biên bản giao nhận, vận đơn
Hóa đơn điện tử hợp lệ
Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt nếu từ 05 triệu/lần trở lên kèm sao kê, ủy nhiệm chi…
Đối chiếu công nợ NCC biên bản đối chiếu, xác nhận

Mẹo giải trình: chuẩn bị bảng đối chiếu 3 bên Hóa đơn – Nhập kho – Thanh toán theo từng nhà cung cấp.

Chi phí dịch vụ

Hay bị hỏi: dịch vụ có thực hiện không, kết quả/đầu ra là gì, ai làm, khi nào, bằng chứng?

Hồ sơ nên có:

Hợp đồng + phụ lục phạm vi công việc (SOW)
Biên bản nghiệm thu, biên bản bàn giao
Bằng chứng thực hiện: kế hoạch, nội dung bàn giao, báo cáo, ảnh chụp, file thiết kế, log chạy quảng cáo, biên bản họp, email trao đổi…
Hóa đơn
Thanh toán không dùng tiền mặt theo ngưỡng

Chi phí lương – thưởng – phụ cấp

Hay bị hỏi: điều kiện hưởng, căn cứ tính, có quy chế không, chi trả đúng chưa, có chứng từ chi trả không.

Hồ sơ nên có:

HĐLĐ/Phụ lục, quyết định bổ nhiệm/điều chuyển
Bảng chấm công, bảng lương, phiếu lương
Quy chế lương thưởng/phúc lợi, quy chế chi tiêu nội bộ
Chứng từ chi trả: sao kê/chuyển khoản/ủy nhiệm chi đặc biệt lưu ý quy định mới liên quan không dùng tiền mặt theo ngưỡng áp dụng
Hồ sơ BHXH nếu liên quan, quyết định thưởng

Chi phí công tác – tiếp khách – hội nghị

Hay bị hỏi: mục đích kinh doanh, ai đi, đi với ai, kết quả gì, có quy chế/định mức không.

Hồ sơ nên có:

Quy chế công tác phí/tiếp khách rất quan trọng
Quyết định cử đi công tác / kế hoạch công tác
Vé máy bay, hóa đơn khách sạn, hóa đơn taxi, lịch trình, biên bản làm việc, ảnh/biên bản họp
Với tiếp khách: giấy mời/agenda, danh sách khách, nội dung trao đổi, biên bản làm việc ngắn cũng được nhưng phải có

Chi phí thuê tài sản/thuê ngoài

Hay bị hỏi: tài sản có tồn tại không, có sử dụng phục vụ kinh doanh không, thanh toán thế nào, hồ sơ pháp lý ra sao.

Hồ sơ nên có:

Hợp đồng thuê + biên bản bàn giao
Tài liệu chứng minh sử dụng ảnh, biên bản nghiệm thu, nhật ký vận hành
Hóa đơn/chứng từ theo quy định
Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt theo ngưỡng

Chi phí khấu hao TSCĐ/CCDC

Hay bị hỏi: tài sản có đủ điều kiện ghi nhận không, có đưa vào sử dụng không, phương pháp khấu hao/phân bổ có nhất quán không.

Hồ sơ nên có:

Hồ sơ mua sắm: hợp đồng, hóa đơn, biên bản giao nhận
Biên bản bàn giao đưa vào sử dụng
Thẻ TSCĐ/CCDC, bảng tính khấu hao/phân bổ, quyết định phương pháp
Hồ sơ sửa chữa lớn kèm nghiệm thu

Chi phí vay, lãi vay

Hay bị hỏi: mục đích vay, hồ sơ vay, chứng từ trả lãi, đối chiếu công nợ, khoản vay có liên quan hoạt động SXKD không.

Hồ sơ nên có:

Hợp đồng vay, phụ lục, lịch trả nợ
Sao kê nhận tiền vay, sao kê trả gốc/lãi
Bảng tính lãi, chứng từ hạch toán
Hồ sơ chứng minh mục đích sử dụng vốn mua hàng, đầu tư máy móc…

Xem thêm: Kế toán nội bộ doanh nghiệp: Những sai sót thường gặp khiến lệch sổ và thất thoát chi phí

Quy trình làm việc với đoàn thanh tra thuế

Quy trình thực tế có thể khác nhau theo từng cuộc thanh tra/kiểm tra, nhưng thường đi theo khung:

Bước 1: Nhận quyết định & xác định phạm vi: Đọc kỹ: kỳ thanh tra, sắc thuế/ nội dung, thời hạn, yêu cầu hồ sơ. Lập danh sách hồ sơ theo phạm vi đừng nộp lan man ngoài phạm vi khi chưa cần.
Bước 2: Tổ chức nhân sự và 1 đầu mối: Cử 1 người làm đầu mối kế toán trưởng/tài chính/thuế + 1 người dự phòng. Thống nhất nguyên tắc: cung cấp đúng – đủ – theo yêu cầu, có kiểm soát phiên bản.
Bước 3: Chuẩn bị hồ sơ theo bộ giải trình: Mỗi khoản chi lớn/nhạy cảm nên có 1 file giải trình: tóm tắt 5 dòng + chuỗi chứng từ + bảng đối chiếu. Ưu tiên: dịch vụ, tiếp khách/công tác, lương thưởng, khoản thanh toán theo ngưỡng không dùng tiền mặt.
Bước 4: Làm việc – giải trình – ghi nhận ý kiến: Trả lời theo nguyên tắc: ngắn – đúng trọng tâm – có tài liệu dẫn chứng. Khi có vướng, xin ghi nhận sẽ bổ sung hồ sơ và đặt deadline nội bộ.
Bước 5: Biên bản/dự thảo kết luận và xử lý sau thanh tra: Soát lại các điểm đoàn nêu; đối chiếu số liệu; gửi giải trình bổ sung. Nếu phát sinh điều chỉnh: chuẩn bị phương án hạch toán/ kê khai điều chỉnh theo hướng dẫn.

Kết luận

Muốn giảm rủi ro khi thanh tra thuế doanh nghiệp, doanh nghiệp cần kỷ luật hồ sơ thay vì tìm mánh. Hãy đảm bảo mỗi khoản chi có đủ chuỗi chứng từ, đặc biệt khoản từ 05 triệu đồng phải có thanh toán không dùng tiền mặt. Các chi phí dịch vụ, tiếp khách, lương thưởng cần quy chế nội bộ và bằng chứng thực hiện. Trước khi đoàn xuống, rà soát nhanh các điểm rủi ro và chuẩn bị bộ giải trình sẵn để tránh phát sinh. Liên hệ ngay với Vinata để được tư vấn hỗ trợ miễn phí.